认定前“现场检查”、认定后“税务稽查”
税务审查方式：主要采取数据核对和实地核查的方式
1、数据核对包括高新技术企业申请认定资料与金税四期系统数据比对、高新技术企业申请认定资料项目间的数据比对、高新技术企业申请认定资料与企业账簿记载信息比对等，针对疑点可要求企业提供相关证明资料，延伸查看申请企业(关联企业)相关账目。
2、必要时对部分企业进行实地核查,综合审查三项指标查看是否符合高新技术企业认定条件。
高新产品收入检查要点
按照《高新技术企业认定管理工作指引》的规定，高新技术产品(服务)收入是指企业通过研发和相关技术创新活动,取得的产品(服务)收入与技术性收入的总和。对企业取得上述收入发挥核心支持作用的技术应属于《技术领域》规定的范围。
(1) 实务中,如果企业销售的是产品，且产品是委托他人加工，但企业又是以购买的形式从受托方取得，而后再加价销售。这种模式很容易被认定为“商贸行为”，无法证明所销售的产品为“自产产品。
(2) 如果企业提供的是服务，则会要求说明服务的核心技术是什么，核心技术是否在《技术领域》内。如果企业是在现有成熟技术的基础上，额外附加个人创意为客户提供服务,就很难提供属于自己且又符合《技术领域》内的核心技术。
(3) 收入是否按照规定进行归集，是否达到规定比例;高新收入占同期总收入的比例不低于60%。
认定后“税务稽查”要点
(1)高新产品收入要求:主要产品(服务)是指高新技术产品(服务) 中,拥有在技术上发挥核心支持作用的知识产权的所有权，且收入之和在企业同期高新技术产品(服务) 收入中超过60%的产品(服务)。
(2)年度职工和科技人员情况要求:享受优惠当年科技人员占职工总数不得低于10%。而且科技人员当年在企业工作时间须在183天以上。
(3) 研发费用要求:享受优惠当年和前两个会计年度研发费用总额占同期销售收入比例需达到规定的比例要求，且还需提供研发费用管理资料以及研发费用辅助账。
(4) 留存备查资料要求:按照《企业所得税优惠政策事项办理办法》(国家税务总局公告2018年第23号)的规定，企业享受优惠事项的，应当在完成年度汇算清缴后，将留存备查资料归集齐全并整理完成，以备税务机关核查。
如果企业未能按照税务机关要求提供留存备查资料，或者提供的留存备查资料与实际生产经营情况、财务核算情况、相关技术领域、产业、目录、资格证书等不符，无法证实符合优惠事项规定条件的，或者存在弄虚作假情况的，税务机关将依法追缴其已享受的企业所得税优惠，并按照税收征管法等相关规定处理。根据《企业所得税优惠事项管理目录(2017年版) 》要求，高新技术企业主要留存备查资料为:
①高新技术企业资格证书;
②高新技术企业认定资料;
③知识产权相关材料;
④年度主要产品(服务)发挥核心支持作用的技术属于《国家重点支持的高新技术领域》规定范围的说明，高新技术产品(服务)及对应收入资料;
⑤年度职工和科技人员情况证明材料;
⑥当年和前两个会计年度研发费用总额及占同期销售收入比例、研发费用管理资料以及研发费用辅助账，研发费用结构明细表。
高新技术企业税务核查总结
认定前“现场检查”财务账务处理是否规范、申报材料规范，符合高新技术认定要求;资料是否齐全;认定后“税务稽查是否继续按照高新技术企业认定的要求申报材料、材料是否规范;是否符合高新申报要求等。